ده سال پس از اولین فیلم American Pie، سه بدبخت جدید کتاب مقدس را در کتابخانه مدرسه در East Great Falls High کشف می کنند.

هفت سال پس از آن که زمین تبدیل به یک کره ی یخ زده و بایر شده است، بازماندگان انسان ها در یک قطار ساکن شده اند که هرگز متوقف نشده و کره ی زمین را دور می زند.

در شب کریسمس، یک دیوانه وار فراری به خانه دوران کودکی خود که اکنون به یک خانه جماعتی تبدیل شده است، باز می گردد و شروع به کشتن خواهران سوری یکی یکی می کند.

جمعیت رو به رشد میمون هایی که از نظر ژنتیکی جهش یافته اند، توسط «سزار» رهبری می شوند. بیشتر انسان ها به وسیله یک ویروس مرگبار از بین رفته اند و گروه باقیمانده با میمون ها در صلح به سر می برند. اما این صلح خیلی پایدار نمی ماند و جنگی رخ میدهد که مشخص میکند کدام نژاد بر زمین حکومت خواهد کرد...

در جنگ برای سیاره میمون‌ها، سزار و ارتش میمون‌ها وارد یک جنگ تحمیلی و مرگبار با ارتش انسان‌ها به رهبری کولونلی بی‌رحم می‌شوند. به دنبال تلفات غیر قابل تصور ارتش میمون‌ها، سزار در کشاکشی نزدیک با غریزه تاریک خود، جهت گرفتن انتقام نژاد میمون‌ها آماده می‌شود.

زمانی که آزمایشاتی جهت بدست آوردن درمانی برای آلزایمر بر روی میمون ها انجام میشود، یک میمون که از لحاظ ژنتیکی جهش یافته است،‌ هوش بالایش را به کار می گیرد تا بقیه هم نوعانش را برای رسیدن به آزادی رهبری کند.

در حالی که زندگی‌اش رو به فروپاشی است، مادری مجرد به نام کرستین عتیقه‌ای باستانی و جادویی را پیدا می‌کند که او را به خوشبتی هدایت می‌کند.